Desde el año 1994 se ha implementado la Maestría en Ecología y Conservación, que tiene como objetivo principal el contribuir al desarrollo sostenible del país y de las regiones, con la formación de profesionales capacitados. Es de carácter multidisciplinario pudiendo acceder profesionales de diversas áreas como biológica, social, económica, técnica o de salud, de cualquier parte del país. Comprende tres semestres para el cursado de módulos de instrucción y de prácticas de campo; y aproximadamente dos semestres para la ejecución y defensa de Grado para optar al Título de Magister en Ecología y Conservación.

Implementan también cursos de especialización en diversos campos relacionados con la ecología y participan en programas de educación no formal y escolar, así como en la formación de maestros, a través de cursos de actualización y la preparación de material didáctico.

Objetivos:

1. Formar profesionales con amplio sentido crítico a nivel de maestría, diplomado, cursos de especialización y de actualización en la temática ambiental.
2. Desarrollar programas de investigación que involucren a la naturaleza y a la sociedad en sus complejas interrelaciones.
3. Generar espacios de diálogo, con la participación de los diferentes actores involucrados, para la formación de opinión en el tratamiento de la temática ambiental a nivel nacional e internacional.
4. Interaccionar la ecología con la política a modo de unir el accionar del saber ambiental con la capacidad política de influir en la gestión del ambiente.
5. Impulsar el fortalecimiento institucional del Centro de Postgrado en Ecología y Conservación.

La reflexión e investigación del CPEC están organizadas y orientadas a través de las siguientes líneas de investigación:

1. Ecología y Sociedad
2. Calidad Ambiental y Gestión Ambiental
3. Gestión Integral de la Biodiversidad
4. Cambios Climáticos
5. Gestión de Áreas Protegidas